1920年2月，爱国华侨领袖陈嘉庚先生创办的。原址在集美。称集美学校水产科，招收高小毕业生入学，修业四年，是我国最早培育水产技术人才的摇篮。
1924年1月，集美学校水产科改称水产部。
1925年1月，改名高级水产航海部，修订教学计划，增加新课程，提高教学素质，招收初中一年肄业生入学，学制为五年，渔航兼学。
1927年3月，集美学校规模扩大，部（科）增多，为便于加强管理，相应改部为校，定名为私立集美高级水产航海学校。
1932年8月，改革学制，招收初中毕业生入学，修业三年，班级名称均届次前冠以“高”字，后俗称新制。
1935年2月，学校更名为私立集美高级水产航海职业学校。
1937年，抗日战争爆发，厦门沦陷。12月学校内迁至安溪县，初在官桥乡曾郁小学，（现官桥中学）办学。
1938年春，同集美中学、商业、农业各校合并在安溪文庙办学，总称集美联全中学水产航海科。
1939年春与商业、农林一起迁徙大田县，合并成立私立集美职业学校称“水产科”。后各科又独立为校，恢复原校名“高级水产航海职业学校”。
1942年8月，为便利闽南各县渔民子弟就学，由大田复迁到安溪县城南街办学。
1944年2月，原福建省教育厅委托水校筹办福建省立高级水产职业学校。
1945年8月抗战胜利，水校由安溪迁回集美办学。
1946年秋，学校分设渔捞、航海两专业，同年省立高水产职业学校分出迁至莆田。
1949年9月23日集美解放，学校喜获新生。
从1920年2月创办到1949年10月新中国诞生的二十九间，冯立民、张荣昌、杨振礼、陈维风、昌希清、俞文农、刘崇基等先后担任校长。共培养毕业生553名。
1951年1月水校增办集美水产商船专科学校，同年9月省立高级水产职业学校和设在福州马尾的省立高级航海机械商船学校航海科合入水校。
1954学校设有渔捞、航海、养殖、轮机四个专业。1957年秋在校生数达1,196名。
1958年3月18日，应陈嘉庚先生的要求，上级决定水产航海分开建校，我校，定名为福建省厦门市私立集美水产学校由国家水产部主管。设有渔捞、轮机、养殖三个专业19个班、795名学生。
1958年5月福建省政府决定在集美水产学校的基础上创办“集美水产专科学校”。水专与水校的领导机构，采用两块牌子一套人马合并办理。先后设有工业捕捞、渔业机械、水产养殖专业，招高中毕业生入学，学制三年。共培养六届十班359名毕业生。
1960年4月改称福建省集美水产学校。增设渔业电讯专业，自此，学校设有渔捞、轮机、养殖、水产品加工、渔业电讯等5个专业，成为当时全国专业最多的中等水产学校。
“文革”动乱中，水专、水校均于1966年停止招生。水专曾改名为“前线水产大学”。
1968年秋学校改名为福建水产学校。
1970年10月学校被迫停办，校舍被移作它用，实习广场、仪器设备、图书资料散失、168名教职工下放或调走。
1974年6月，福建省革委会决定福建水产学校复办。当时借厦门东渡渔港一幢楼房为校舍，师生们发扬“诚毅”精神和“抗大”作风，在十分艰难的环境中办学，并积极筹建新校舍。
1978年2月乔迁新址办学。新址坐落在风光旖旎的厦门特区，背靠仙岳山，面向筼筜湖，与市体育发展中心毗邻，环境优美，交通便利。全校拥地58800平方米，为集美原来校址面积的4.5倍。
1978年，中国共产党十一届三中全会以来，学校得到迅速发展。1980年6月18日经福建省人民政府批准，恢复福建省集美水产学校校名。
2000年6月，省教育厅确定福建省集美水产学校为福建省首批国家级重点中专学校。
1997年1月经福建省教育厅批准同上海水产大学联合举办大专函授教育，并设立函授站。学制三年。2000年开办脱产班，学制两年。
2003年2月8日福建省人民政府以闽政文〔2003〕29号文，批准在集美水产学校的办学基础上设立厦门海洋职业技术学院。学院以全日制高等专科教育为主，同时开展各种形式非学历教育。
2006年12月，我院隆重举行翔安校区落成典礼，翔安新校区一期正式投入使用。
2007年6月，加挂集美海洋职业技术学院。
2012年1月，学院被确定为福建省示范性高等职业院校建设单位
2014.12.17 学院的主管部门由福建省海洋与渔业厅调整为福建省教育厅
2015年7月，学院被省委省政府授予2012-2014年度文明学校